I 1950-tallets Mexico City lever William Lee et ensomt liv blant andre eksilamerikanere. Han fordriver tiden på barene, helt til den unge eksmilitære Eugene Allerton en dag ankommer. Lee blir besatt. Tiden for korte møter er forbi, nå vil han ha noen som kan gi livet hans mening! Queer er et drama om kjærlighet og overgrep, basert på William S. Burroughs' banebrytende roman med samme navn.