I det føydale Japan under Edoperioden, var det en tid av skjør fred kjøpt med blod. Serien skildrer Jubei Kibagamis liv når han drar rundt i landet og tilbyr sine tjenester som innleid Ninja. En klan, Hirukoklanen, dømt til å leve og dø i mørket, beskytter den hellige Drakesteinen. Kimonklanen er på sin side fast bestemt på å gjenopplive Toyotomis kraft og få takt i Drakesteinen og skatten den gjemmer.