Gjennom revolusjonerende teknologi som låser opp de genetiske minnene hans, gjenopplever Callum Lynch sin stamfars eventyr i 1500-tallets Spania. Callum oppdager at han stammer fra et mystisk og hemmelig samfunn av "Assassins", og samler opp kunnskap og ferdigheter til å ta opp kampen med den mektige Templar-organisasjonen i dag.