Elitesoldaten Deunan Knute blir under et overfall tatt med til den utopiske byen Olympus. Olympus er den perfekte by der mennesker og Biorider lever i total harmoni med hverandre og menneskets ondskap er bortavlet. Men freden trues av terrorister. Deunan er den perfekte og inkarnerte elitesoldat. Hennes oppdrag er å sammen med sin ekspartner Briaros redde Olympus livsviktige serum Appleseed fra terroristenes hender.