Det er 1868, og et mystisk "sjøuhyre" har over tid angrepet og senket skip utenfor den amerikanske kysten. Fartøyet Abraham Lincoln får oppdraget med å kontrollere og utslette udyret. Abraham Lincoln blir angrepet og synker, men tre av passasjerene overlever, og blir tatt hånd om av kapteinen på ubåten Nautilus, kaptein Nemo. Han fanger dem, for å ta dem med på en reise jorden rundt i ubåten sin, og vise dem at det finnes en bedre verden enn den over overflaten.