CIA:n kouluttama tappaja Jason Bourne selvitti totuuden Treadstone-ohjelmasta, ja nyt pomot ovat huolissaan, että muutkin salaisuudet ovat tulossa päivänvaloon. Niinpä he päättävät lopettaa operaatiot ja eliminoida heikot lenkit. CIA:n niin ikään kouluttama Aaron Cross saa tappajat peräänsä ja on pian Bournen jalanjäljillä yrittäessään selvittää omaa menneisyyttään ja karistaa murhaajat kannoiltaan.