Hellboy on helvetistä tullut supersankari, joka tasapainoilee todellisen ja yliluonnollisen maailman välissä estääkseen hirviöitä tuhoamasta maailmaa. Hellboyn kotimaassa Englannissa jättiläiset ovat heränneet ja sankari kutsutaan apuun. Samaan aikaan kostonhimoinen verikuningatar Nimue kerää hirviöarmeijaa noustakseen johtamaan sotaa Hellboyta ja ihmiskuntaa vastaan. Pysäyttääkseen verikuningattaren Hellboyn on kohdattava myös oma pimeä menneisyytensä.