”Kaiju”-hirviöiden ja niiden kukistamiseksi rakennettujen, ihmisten ohjaamien superrobottien välinen taistelu oli vasta alkusoittoa, sillä nyt ihmiskunta saa vastaansa todellisen hävityksen aallon. Jakella on takanaan lupaava ura robottipilottina, mutta sittemmin hän on luisunut rikoksen polulle. Hänen isänsä on jäänyt historian lehdille annettuaan henkensä kaijujen kukistamiseksi. Kun vieläkin voimakkaampi uhka panee koko maapallon polvilleen, Jaken sisko Mako Mori etsii Jaken käsiinsä ja antaa tälle viimeisen mahdollisuuden täyttää isänsä saappaat.