Tiedemiehet kehittävät menetelmän mutanttien parantamiseksi, mikä asettaa mutantit täysin uuteen tilanteeseen. Professori Xavierin luotsaama X-Men, kotoisammin Ryhmä-X, on tehnyt aina parhaansa ihmisyyden puolesta, kun taas radikaalia militanttilinjaa vetävä Magneto taistelee mutanttien oikeuksien puolesta. Näiden ryhmittymien välille syntyy peruuttamaton ristiriita ihmiskunnan ollessa uuden aikakauden edessä.