Mød den nye Pokémon, Celebi, som har evnen til at rejse i tiden. Vicious, den fremtidige efterkommer af James og Jessie i Team Rocket, rejser tilbage i tiden for at skabe kaos og ødelæggelse, og nu gælder det om for den unge Ash, Pikachu og venner at sætte en stopper for marodørens fremfærd. I løbet af rejsen fortsætter Ash med at udvikle sig til den uovervindelige Pokémon-træner, han bliver i fremtiden.